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        A conformação geomorfológica representada por uma enseada delimitada por dois rios, o Barra Grande (Andorinha) e o Barra Pequena, cada qual, em uma extremidade da praia é responsável pela denominação da vila de moradores existente na área do CEADS,Vila Dois Rios.A referência a estes dois rios é realizada desde o período colonial quando foi erguida no local, a Fazenda de Dois Rios. Esta menção se perpetuou com a instalação da Colônia Correcional de Dois Rios (1894). Durante o período carcerário, que durou por 100 anos, a vila construída para abrigar funcionários civis e militares do presídio, era designada Vila da Colônia. De 1894 a 1994, as instalações de Dois Rios passaram por períodos de atividade e inatividade, porém nunca deixaram de integrar o sistema penitenciário, apresentando, entretanto, perfis e nomes diversos ao longo do tempo: Penitenciária Agrícola do Distrito Federal, Colônia Agrícola do Distrito Federal e Instituto Penal Cândido Mendes. A implantação dos presídios na localidade gerou a necessidade da construção de moradias para os funcionários (civis e militares) e presos em liberdade condicional e de edificações como a igreja, o destacamento da Polícia Militar, a escola pública, o “cassino”, as garagens para as viaturas oficiais, os bares etc.Um pequeno núcleo populacional foi então erguido nos arredores da penitenciária, que, apesar de estar concentrado na área mais próxima ao presídio estendia-se tanto em direção à Praia da Parnaioca como em direção à Vila do Abraão e à Praia do Caxadaço. Assim surgiu o atual povoado de Dois Rios que, até o ano de 1994, funcionou como uma espécie de apêndice do presídio.

Com a retirada do presídio o Governo do Estado do Rio de Janeiro concedeu a UERJ, por meio do Termo de Cessão de Uso nº 21, de 18/10/1994, toda a área e benfeitorias ocupadas pelo Instituto Penal Cândido Mendes. A cessão da área física compreende o período de 50 anos, com possibilidade de renovação e estabeleceu dentre os compromissos assumidos pela UERJ, a implantação de um Centro de Estudos Ambientais com o objetivo de inventariar e preservar a diversidade local e de um Museu para documentação e divulgação dos recursos naturais existentes e dos vários aspectos que envolvem a memória e as características locais. As atividades da UERJ tiveram início imediatamente após a efetivação do Termo de Cessão e em 1998, com o apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES), foi criado o Centro de Estudos Ambientais e Desenvolvimento Sustentável (CEADS), cujas metas principais foram congregar e gerenciar as atividades de pesquisa, ensino e extensão desenvolvidas na Ilha Grande e consolidar um pólo de formação de recursos humanos. Em 2009 foi inaugurado o primeiro módulo do Ecomuseu Ilha Grande.Com a criação do CEADS e do Ecomuseu, aos antigos moradores de Dois Rios foram acrescidos os funcionários da UERJ que se mudaram para o povoado e uma "população flutuante" formada por funcionários, professores e alunos da Universidade que, sistematicamente, realizam suas atividades (projetos) na Ilha Grande.